由於案件准予再審，法官根據刑訴法四百卅五條規定，同時裁定吳乃仁、洪奇昌停止刑罰執行。如蘇建和三死囚，當初獲准再審，也是為合議庭法官裁定停止死刑執行。
不過，吳乃仁、洪奇昌二人能否啟動再審，目前還有變數，因為，依法檢察官若表示不服，可在收到裁定書後三日內提出抗告，亦即，二人是否能重新審理，取決檢察官會不會提出抗告；還有抗告提出後，最高法院的認定結果。
法界實務人士指出，就司法實務來看，由於裁准再審的合議庭，就是未來負責重新審理工作的合議庭，所以，一般有罪確定案件，一旦獲准再審，通常代表未來獲改判無罪機率很高；縱使未獲改判無罪，也很可能獲得比原來刑度要低的刑期。
聲請再審，必須有六大理由，包括原判決所憑的證物被證明是偽證或變造情形；證人的證詞、鑑定或通譯是虛偽不實；判有罪確定者，是被人誣告、誣陷；參與偵查、審判的檢察官、法官收賄瀆職；發現新事實、新證據可認定應該判無罪等。
其中，再審能夠成立的理由，實務上最多的案例就是以有新事實、新證據成立再審。再審可成分兩類，第一種是有利判決有罪確定者。例如蘇建和三死囚案，當初就是在判決死刑確定後，於八十九年獲准再審，最後纏訟廿一年，三人才獲判無罪確定。
第二種就是不利於當事人，原來獲判無罪，但有理由證明無罪判決應撤銷。如曾喧騰一時的前台北縣警局刑事小隊長林安順，十六年前在警匪槍戰中殉職，審判到最後卻「找不到真凶」，一度獲判無罪的凶嫌李得陽，經高檢署聲請再審後，更審被改判無期徒刑。