針對漁船案，台菲之間原本打算展開平行調查，菲方調查小組原訂明天來台，但菲律賓對我方提供錄影帶等細節未正面回覆，法務部暫時婉拒。
法務部今(22)日召開記者會，法務部政次陳明堂說，法務部今天收到菲律賓司法互助請求書，但菲方只同意我方調查人員登船、驗槍，沒有正面回覆我方其他要求，雙方協商內容不符合「互惠平等」精神，因此已去函暫時婉拒菲國調查團來台；但陳明堂強調，雙方仍在積極協商，只要符合平等原則，調查人員隨時可以成行。
針對漁船案，台菲近日進入談判實際司法互助細節階段，攤牌各自提交證據調查清單，台方提出登船驗槍等10項要求，菲律賓則提出11項要求。菲國司法部在信函中正式同意我方人員前往當地時，可以進行登船勘驗及檢查槍彈，但沒有正面回覆其他項目。
陳明堂說，「例如要求提供菲律賓公務船上有沒有相關錄影帶，或公布錄影帶及菲國人員如何在場、有哪些人在場等相關細節性、或有哪些相關證據等，還有協助我方人員詢問涉案在場人員等等，都還沒有做正面回覆，因此我們認為就雙方司法互助請求，還沒符合「互惠平等」精神。」
對於菲方提出11項要求，陳明堂說，我方不同意菲國國家調查局直接詢問「廣大興28號」船員以及重新驗屍，因為除與台灣法制不符外，也會對死者家屬造成極大困擾。
陳明堂強調，雙方仍會積極協商，希望可以儘快完成，我方調查人員也隨時可前往菲國；基於互惠及司法互助，只要協商有結果，我方也歡迎菲方調查小組隨時來台。