國民黨主席馬英九表示，由各種證據顯示，菲律賓公務船在這次事件中的舉動已經遠遠超過執法的必要程度，不管調查結果如何，菲律賓都應該表示道歉與賠償，這是態度問題。他並指出，既然是公務船開槍，國家就負有責任，因此他要求必須由菲律賓政府出面道歉，才能還漁民公道，這是政府很嚴正的要求，也獲得許多國際輿論支持。
馬英九希望這起事件能儘快落幕，不致影響台、菲兩國友誼。不過他也強調，絕不容許類似事件再次發生。
馬英九並指出，保護漁民安全不能只靠別人的善意，也要靠自己的實力，因此，政府未來會進行常態性的護漁行動，但不會涉及任何軍事演習。馬英九：『(原音)我們雖然會進行常態性的長期護漁行動，但這不涉及到任何軍事演習，我們護漁一向是海巡署，國軍出動海軍是去保護我們海巡署，實際上將來的主力還是在海巡署。』
此外，馬英九希望農委會多跟漁民溝通，要求他們在合法海域內捕魚，避免誤入他國水域、造成誤解；他也要求治安單位適度保障在台灣生活的菲律賓僑民，不要讓他們受到任何傷害或歧視。馬英九強調，中華民國是文明國家，不要把菲律賓政府的不義行為遷怒於在台的菲律賓僑民。