民進黨立委段宜康21日指出，包括內政部長李鴻源等多位政府首長，上任後仍忙與參與國科會研究案，並大賺國科會的研究經費。
對此，李鴻源受訪時表示，國科會計畫與一般政府研究計畫不同，必須由學校教授擔任計畫主持人，且完全沒有薪水；國科會補助每個研究計畫約新台幣7、80萬元，全都做為研究生的津貼及採買研究工具等用途。
李鴻源強調，他都是犧牲自己的週末假期指導學生，完全沒有用到國家任何一點時間，也沒有領到任何一毛錢。他說：『(原音)國科會的經費是給研究生做研究用的，整個經費跟我個人是沒有關係，我指導學生也都是在週末，所以也沒有用到國家任何一點時間，我犧牲我自己的假日去指導研究生，我也沒有領研究經費。』
李鴻源表示，目前他所帶領的團隊在研究「低衝擊開發」，也是內政部正在推動的政策，他甚至將研究內容提供給內政部無償使用，根本就是「虧大了」。他表示，國科會計畫基本上是支持學生研究，與個人經濟毫無關係，他建議立委批評前先了解相關細節。