不過，外交部昨晚以新聞稿說明會商狀況時特別強調，我方擬派遣檢察及刑事人員赴菲，與菲方合作詢問證人及調查證據，菲方表示將把我方請求具體事項報請菲國司法部部長同意。菲方表示亦擬派團來台詢問證人及勘驗「廣大興二十八號」漁船，但我方表示須以「菲方同意我方調查小組赴菲」為先決條件。
我駐菲副代表張泰來昨率代表處人員，及前晚緊急由台北派赴菲國的法務部國際及兩岸法律司主任檢察官楊婉莉，一同到菲律賓國家調查局及ＭＥＣＯ（馬尼拉經濟文化辦事處），就「廣船」事件的台菲合作調查交換意見，雙方各自對台菲司法互助請求攤牌。
法務部政次陳明堂表示，外交部和法務部希望台菲共識能「白紙黑字」，避免菲國出爾反爾；菲國國家調查局則表示，相關共識須報請菲國司法部審核。
據了解，菲方已組成赴台調查小組，希望來台調查廣大興漁船案。陳明堂指出，尚未收到菲方經由外交管道送來的司法互助請求文書，等收到後，會基於平等、互惠的司法互助精神斟酌處理，但不可能讓菲方人員直接訊問台灣人員。
平行調查或合作調查 各說各話
不過，對於調查的「定位」問題，台菲卻各吹各的調。根據中央社報導，菲律賓司法部長德利馬召開記者會表示，菲律賓與台灣不會「聯合調查」或「共同調查」漁船案，雙方將以相互協助的方式來進行「平行調查」；菲方不會讓台方檢視案發錄影帶，也不能訊問菲方海防人員。
陳明堂則不同意「平行調查說」，他指出，「平行調查」像各說各話，我方現在定調為台菲「合作調查」，希望透過一起蒐集證據，交叉比對，取得共識。
外交部長林永樂前天稱與菲國是採「平行調查」，但法務部提出「合作調查」，外交部也改口說，在精神與概念上，稱「合作調查」是比較符合的。
法部︰宜採偵辦「滿春億號」模式
至於未來台菲如何進行「合作調查」？法務部官員表示，最可能的方式，就是參考九十五年間「滿春億號」遭菲國公務船槍擊案後，我方調查團到菲國辦案模式。
例如當菲方司法人員訊問菲籍嫌犯時，我方調查團可事先提出「擬問」的問題，請菲方訊問，我方可旁聽、但不能當場提問。
此外，德利馬指出，菲律賓國家調查局調查小組正準備前往台灣檢視廣大興二十八號漁船、與目擊者談話，如果家屬同意的話，希望對洪石成遺體再次驗屍。
洪石成大女兒洪慈綪回應表示，父親已入殮，不可能讓菲國調查人員驗屍，菲方想來台調查，應先讓我國調查團調查後再說。
國安會對菲制裁應變監督小組昨也再次開會，繼續追蹤、落實對菲十一項制裁執行情形。