由於服務貿易以大陸內需市場開放為主，與大陸的企業具有高度競爭性，加上中國大陸政商關係綿密且糾葛，大陸在服務貿易開放部分，常有「大門開小門不開」的問題，雖有協議簽署與相關承諾，但地方政府執行過程中都有各自的潛規則。
此外，進入大陸市場的投資企業也常遭遇地方與中央對法規解讀不同的問題，就算與大陸簽署「內地與香港關於建立更緊密經貿關係的安排」（CEPA），香港也還是有部分企業對大陸投資市場的潛規則有所抱怨。
中華經濟研究院區域發展研究中心主任劉大年指出，與大陸簽署服貿協議應分為「市場開放」與「大陸內部監理法規」兩部分來看。市場開放著重打破限制，讓外資進入；大陸監理法規則涉及大陸中央與地方政府的審查規則問題。
他說，目前政府與大陸即將簽署的服貿協議重點在先打破大陸市場限制，讓相關行業拿到投資大陸的入場券；企業投資後可能會經歷的各項核可、審查、檢驗上的非關稅障礙，未來可能透過經合會或另成立委員會來進一步協商。
不過，由於目前兩岸服貿協議的相關細則仍未公開，對各產業的實質效果，還待進一步檢視。
淡江大學大陸研究所所長張五岳也指出，大陸與香港在2003年簽署CEPA，到2012年已經進行9次後續性商談，簽署9次補充協議；此外，在大陸的美國與歐洲商會每年發表報告書，也都會提及非關稅障礙。
他認為，台灣應該就服務貿易協商與執行上可能產生的落差，審慎關注與因應；服貿協議簽署後，相關的落實監督，才是最兩岸將來最大的挑戰。