台菲衝突持續升溫，在菲律賓未答應台灣政府所提四項條件之前，馬政府可能再加碼包括斷航、遣返菲勞等制裁行動。然而，擴大制裁範圍不見得有效，反而會波及更多無辜的受害者。我方提出包括賠償、懲兇與道歉等要求，都需經調查還原事實。菲國若持續不願讓我方參與調查，整件事情無法獲得釐清，雙方只能繼續喊話而無法下台。
從目前的情況來看，凍結菲勞來台、停止經貿、農業技術交流、科技合作等，對菲律賓的傷害沒那麼大，且我方也同樣有損失。以目前跡象來看，菲律賓似乎沒有要對台灣讓步的跡象。若將經濟制裁層次升高，可能會對台灣廠商造成很大衝擊，會傷及更多的無辜台灣與菲律賓人民。
目前台菲糾紛的癥結點在於整個事件的事實。我方向菲律賓所提四項條件中，漁業談判只可能開啟，無法在短期內完成；而懲兇、道歉、賠償都需要事實的基礎，而且需要雙方都認同的調查結果，才可能息紛止爭。
目前，菲律賓的調查結果認為台彎漁船衝撞菲律賓公務船才開槍，台灣的調查結果認為菲律賓公務船濫殺無辜。我方不接受菲國目前自行調查的結果，而菲國又拒絕我赴菲調查小組參與；在各說各話的情況下，此項紛爭就永遠不會有進展。雙方對於事實的認知完全不同，即使台灣再加大經濟制裁的壓力，完全無助於解決當前的紛爭。
因此，台灣政府處理這件紛爭的目標與策略都應該調整。台灣不宜以「道歉、逞兇與賠償」作為第一階段的目標，而是以雙方共同組成客觀公正的跨國事實調查委員會為目標，以便釐清整個槍殺台灣漁民案件的事實。在共同接受的事實基礎上，台灣再進行後續的「道歉、逞兇與賠償」要求，才能獲得菲國政府、人民與國際社會的支持與同情。
其次，以目前雙方的僵局，台灣應該集中力量在經濟海域的控制。有鑑於我國漁船在我國經濟海域上受到菲律賓公務船的侵害，因此台灣政府應該合理派遣海巡艦隊在我國經濟海域強力護漁，禁止菲律賓漁船進入，並且由我國海軍在附近海域戒護與支援。此項行為應該持續到台菲兩國釐清此次案件事實及獲得後續合理解決為止，才能有效施壓菲律賓政府。
唯有回到漁權紛爭的本質，台灣才能逼迫菲律賓答應組成跨國事實調查委員會及合作處理後續事宜。唯有以共同認知的廣大興28號漁船事件事實為基礎，雙方才有合理的下臺階與化解衝突的適當途徑。希望馬政府不要再擴大經濟制裁的範圍與層次，這不僅會傷害更多無辜的台灣人民與菲律賓人民，而且會讓雙方更難以妥協，無助於解決雙方的衝突。