針對菲律賓方面拒絕我發司法調查小組共同調查廣大興28號事件，外交部長林永樂表示，菲國方面已經向我提出來台調查的書面申請，並且也同意我方派團前往調查，接下來的具體調查內容、議題和司法合作項目，將會由雙方的司法部門協商。
外交部長林永樂19日表示，菲律賓方面已經透過司法互助協定，以書面方式向我方提出派遣調查小組來台的要求，「在平行調查的情況下，能建立相互合作的機制來互相配合，實際的內容需要法務部同仁再和菲律賓方面進一步釐清，基本上是有這個機制，雙方也表達這樣的意願，也有書面的承諾給我們」。
對於再度派出調查團的具體時間表，林永樂只表示希望「越快越好」。
林永樂說，我方的四項要求仍舊存在，也希望菲國方面對於這四項要求能有完整的正面回應，而啟動調查程序，在我方看來「是一項正面的步驟」。
外交部表示，馬尼拉經濟文化辦事處主席裴瑞茲和菲國駐台代表白熙禮，上周五曾經親自到我駐菲代表處會見我調查小組，轉達菲國司法部已經接受我司法互助的請求，並將安排我方在周一到菲律賓國家調查局會商，不過因我方已經決定回國而作罷。