馬總統2008年首任中華民國總統，確立「九二共識，一中各表」，推動兩岸兩會（海峽交流基金會與大陸海峽兩岸關係協會）制度化協商。
在這些政策下，兩岸關係獲得大幅進展，一掃之前兩岸關係陷入低潮的窘境。如今兩會已簽署18項協議、達成2項共識與2項共同意見，並展開互設辦事機構協商，兩岸關係和平互利、繁榮雙贏大局豁然開朗。
2012年馬總統連任，第二任期內，兩岸可望就經濟合作架構協議（ECFA）後續商談取得更好的成績，兩岸關係前景可期。
文化大學中山與中國大陸研究所所長邵宗海認為，相較過去兩岸風風雨雨，現今是兩岸最和諧的時期。
他舉例，2008年至今，兩岸沒有戰爭威脅、沒有互耗資源的邦交國競爭，2003年SARS（嚴重急性呼吸道症候群）流行時，台灣得不到世界衛生組織（WHO）的疫情資料。但在馬總統就任、兩岸關係迎來歷史性進展後，最近發生H7N9禽流感，台灣已經是世界衛生大會（WHA）成員，得到第一手資訊，甚至派人到大陸實地了解疫情。
邵宗海進一步指出，兩岸兩會所簽的協議有多數涉及管轄權及雙方政府公權力部分，比如兩岸共同打擊犯罪協議、兩岸經濟合作架構協議、兩岸投資保障協議等，都是兩岸關係的大突破；此外，兩岸關係在短時間內由冰凍到商談兩會互設辦事機構，也是相當不容易的成果。
亞太和平研究基金會董事長、淡江大學大陸研究所教授趙春山則指出，馬總統2008年上任之初，在兩岸關係上提出一些新想法與做法，希望兩岸關係能從雙邊、甚至多邊角度的思維來處理。
對此，中國大陸當時也有些回應，比如馬總統提出的兩岸關係制度化、先經後政等想法，都成為現在兩岸關係發展的主要脈絡。
此外，中共在18大政治報告中提出兩岸應「探討國家尚未統一特殊情況下的兩岸政治關係，作出合情合理安排」，顯示大陸放棄過去習慣的單方思維，漸漸希望以雙邊思維解決問題。
趙春山認為，自2008年以來，兩岸關係最大成就應屬「將兩岸和平紅利運用到對外關係」，在兩岸和平的環境下推動活路外交，讓兩岸、外交相輔相成，頗有成效。
例如東海和平倡議，正在洽談的台灣與新加坡、紐西蘭的FTA（自由貿易協定），都與兩岸關係的改善有很大關係。日前大陸國家主席習近平與前副總統蕭萬長在博鰲會面，也就台灣加入亞太區域整合有所回應。
趙春山說，台日漁業協議的簽署也顯示出，兩岸和平對馬總統推動對外政策極有助益。
此外，陸委會在今年3月7日至10日的「民眾對當前兩岸關係之看法」民意調查顯示，有近7成（68.7%）的民眾支持政府持續透過制度化協商處理兩岸交流問題。
因此，無論從兩岸和平、經濟發展、台灣拓展對外關係等各方面來看，馬總統就任以來所推動的兩岸政策，做到了許多過去做不到的事，開創了歷史，贏得了民眾的支持，對兩岸關係的發展具有非凡意義。