申佩璜表示：「沒看到這份報告、無法評論，但台灣有自己的報告」，調查團會持續調查，調查有進展會向大眾報告；事實上，台灣調查團昨天幾乎困坐駐菲代表處，到底要拿什麼向台灣人民報告，實在不無疑問。
調查團的困境，其實不難理解。首先，調查團出發前我方政府即宣布對菲律賓強力制裁，還要在案發地點進行軍演，卻希望菲國能誠心協助我方調查，無異緣木求魚。
其次，駐菲代表被召喚回台，代表處群龍無首，沒有熟知菲國政局的駐菲代表坐鎮，也導致「誰當調查團團長？」的尷尬問題出現，最後竟變成外交部條約法律司長申佩璜和法務部國際及兩岸法律司長陳文琪「都是團長」的「雙團長制」。
民進黨發言人林俊憲昨也嚴詞批評外交部與菲國交涉表現荒腔走板，導致我國調查團抵達菲國後進退兩難，此事若無法在最短時間內有所突破，給台灣人民一個滿意的交代，人民將對馬政府失去耐心與信心。