外交部發布新聞稿表示，在「廣大興28號」事件中，菲國公務船侵入中華民國專屬經濟海域攻擊無武裝的台灣漁船，這是違法使用武力行為，違反1982年聯合國海洋法公約規定。
外交部表示，菲國公務船粗暴攻擊後，「廣大興28號」漁船失去動力在海上漂流，菲國公務船未依國際法救難的規定，停（人車）查看及救援，逕行駛離，以致台灣漁民中槍傷重死亡，此舉明顯悖離國際人道精神。
外交部指出，菲國公務船非法使用武力，代表國家行為，因此菲律賓政府負有國家責任。
外交部說，案發經查明為菲律賓公務船後，菲國當局一再推諉，辯稱菲國公務船是執行勤務緊追，並指稱是因台灣漁船意欲衝撞，所作出的開槍自衛行為。
外交部表示，相較菲國執法船舶全長30公尺，總重115.45噸，台灣漁船長僅14.7公尺，寬3.68公尺，總噸位為15.15噸，屬小型漁船，且毫無武裝，顯見菲國「自衛」的說法完全不能成立。
經檢察機關蒐證，發現船體彈痕累累，共計有50多處著彈孔，外交部指出，菲公務船嚴重違法使用武力，射殺台灣漁民殘酷暴行。
因此，外交部說，菲國宣稱公務船「非蓄意」射殺台灣漁民的說法罔顧事實，中華民國政府完全無法接受。
外交部表示，中華民國政府強烈抗議及譴責菲國公務船違法暴行，嚴正呼籲菲政府拿出誠意，必須正式道歉、賠償損失、儘速徹查事實嚴懲兇手，及儘速啟動台菲漁業談判。
外交部強調，中華民國政府將嚴正堅持國家主權，保護漁權，維護人民權益。中華民國身為國際社會負責任且愛好和平的一分子，也將依據聯合國憲章第2條以和平方式解決國際爭端。