馬英九表示，兩岸至今已隔海分治六十四年，中華民國政府持續有效統治台澎金馬；兩岸隔海分治，中華民國政府並未消失，根據一九四七年制定的中華民國憲法，大陸仍是我國的「固有疆域」，我國政府不可能承認在我國大陸領土上，另有一個國家存在。
但他表示，中共已統治大陸長達六十四年是客觀事實，不能也不必否認；中共是實際統治大陸的統治當局，如果雙方仍否認統治權，如何交流？因此，他提出「互不承認主權，互不否認治權」主張，這在過去尚未統一的東西德，也出現類似概念。
馬英九表示，在此框架下，兩岸自二○○八年至今已舉行八次協商，簽署十八項協議，以務實的大陸政策，透過談判與大陸達成共識，藉制度化協商建立互信，未來也希望能繼續深化互動，互設辦事機構，並通盤檢討修正兩岸人民關係條例。
在東海情勢方面，馬總統說，針對去年日本將釣魚台國有化的行動，他在之前已提出東海和平倡議，呼籲相關各方擱置爭議，以和平方式處理爭端，以資源共享的方式著手解決爭議，而台灣與日本也已在四月簽訂漁業協議。
馬英九說，台日漁業協議中並未提到主權，也不影響雙方對主權的主張，這是以和平方式解決爭端的典範。