馬總統上午出席「2013世界國際法學會亞太論壇」開幕式致詞時表示，兩岸至今已隔海分治64年，中華民國政府持續有效統治台澎金馬。
他指出，即便兩岸隔海分治，中華民國政府不可能承認另一個政府，所以兩岸不是國與國關係，而是特殊關係，兩岸間也沒有國際法上的承認問題。
不過，馬總統說，中共已統治大陸長達64年，這是客觀事實，不能也不必否認；中共是實際統治大陸的統治當局，如果雙方仍否認統治權，如何交流？因此，他提出「互不承認主權，互不否認治權」主張，這在過去尚未統一的東西德也出現類似概念。
總統表示，在這樣的框架下，兩岸從2008年至今已舉行8次協商，並簽署18項協議，為台海兩岸人民帶來實質利益。
馬總統說，政府用務實大陸政策，透過談判與中國大陸達成共識，透過制度化協商，兩岸一步步建立互信，開創前所未有穩定局面；未來期盼繼續深化兩岸互動，並互設辦事機構，及通盤檢討修正兩岸人民關係條例。
談到東海局勢，馬總統表示，去年8月在日本國有化釣魚台列嶼前，他已提出東海和平倡議，呼籲相關各方擱置爭議，以和平方式處理爭端；並提倡國家主權不可分割，但資源可以分享，一步步解決爭端。
他指出，他念大學時就參與保釣運動，所以非常堅持保護釣魚台，也堅持主權屬於中華民國；但他也相信，如果要解決爭端，必須透過和平方式，所以提出東海和平倡議。
總統說，可以用資源共享方式開始解決爭議，所以台灣與日本已在4月簽訂漁業協議。
馬總統表示，台日漁業協議中並未提到主權，也不影響雙方對主權主張，這是一個典範，雙方花了17年時間談判終於達成，不只對雙方的漁民是好消息，也是建立如何以和平方式解決爭端的模式。