配合政府制裁菲律賓，教育部也宣佈，即日起凍結菲律賓學生申請2項獎學金，包括台灣獎學金10個名額、華語文獎學金5個名額，暫時不開放菲人申請。
針對「廣大興28號」漁船船員遭菲律賓公務船槍殺事件，一直等不到菲國妥適回應，政府發動第二波制裁。教育部也宣佈，即日起凍結菲律賓學生申請獎學金，包括今年核定的10個台灣獎學金名額，及5個華語文獎學金名額，直到菲國釋出善意，台灣不再制裁為止。
教育部次長黃碧端表示，相較於經濟方面的交流合作，台菲的教育交流很少。她說，去年曾和菲律賓簽訂一個教育合作備忘錄，內容有關學生相互交流的備忘錄，但目前沒有任何實質合作，現階段也不會進行交流。
黃碧端表示，凍結獎學金不會影響到過去已拿到獎學金的菲律賓籍人士、自行來台求學者，以及菲律賓籍配偶在台求學。根據教育部統計，目前在台菲律賓籍學生共338人，領取台灣獎學金有21人；在菲台籍生，民國92年前有紀錄的共3人，之後就沒有正式紀錄。