農委會傍晚正式發布訊息表示，台灣漁船遭菲律賓船艦攻擊，並造成漁民死亡後，菲律賓迄未有妥適回應；基於維護國家尊嚴與利益，宣布即日起，中止與菲律賓一切農漁業合作與交流，直到菲國提出我方接受的善意回應為止。
原規劃在8月舉行的第六屆台菲農業合作會議，相關準備工作也停止進行。
農委會指出，民國94年9月30日駐菲律賓代表處代表吳新興及駐台灣馬尼拉經濟文化辦事處代表白熙禮（Antonio Basilio）於農委會簽署「台菲（菲律賓）農漁業合作瞭解備忘錄」後，雙邊合作內容計3大類。
簽署後，雙邊農漁業實質合作內容包含3大領域，由菲國派員到台灣受訓，或是台灣組團前往傳授技術。
首先是幫助菲國建構專家護防技術能力，主要項目包含農藥殘留快速檢驗、豬瘟診斷技術，以及柑橘黃龍病防治。
其次是農業技術合作，包含玉米栽培推廣、養鴨技術（但尚未傳授人工受精關鍵技術），以及畜產遺傳資源保護，後者即協助菲國建立畜產種原庫，將地方特色品種基因鑑定、保存及維持多樣性。
漁業方面，農委會表示，菲國對台灣的水產養殖技術有需求，但基於糾紛處理及農業市場開發等應平等互惠原則未落實，尚未有進一步的合作內容。
農委會漁業署副署長蔡日耀表示，台灣有籌組技術小組，作為加速台灣漁船被扣處理機制。
農委會國際處說明，台菲農漁業合作內容，多屬台灣幫助菲國提升水平事宜，中止對菲國會有一定的影響。
至於台菲貿易，國際處統計，農委會國際處統計，台菲農產貿易，去年台灣出口菲國1.07億美元，自菲國進口6669萬美元，台灣對菲律賓的農產貿易為順差情況，但不在中止農漁業合作決策影響範圍內。