屏東琉球籍漁船「廣大興28號」9日遭菲律賓公務船開火攻擊，造成65歲的船員洪石成中彈身亡，此事引起台灣各界譁然，各界除譴責菲方之外，也希望政府表達強硬立場，要求菲方道歉賠償。
事件發生之初，由於無法確認菲國船隻是否為公務船，馬政府先表示高度重視與嚴正關切，隨後立即透過駐菲律賓代表處確認後，證實確為菲國公務船，總統立即指示外交部立即向菲方表達強烈抗議及譴責，要求菲方必須徹查真相並追究責任，以還給受害的台灣漁民應有的公道。
過程當中，馬總統和行政院長江宜樺密集聯繫，隨時掌握狀況。
在等不到菲國政府善意回應後，馬總統在11日晚間7時召開國安高層會議，邀集副總統吳敦義、江宜樺以及外交、國安官員以及其他部會首長，研擬因應策略。
這場討論熱烈、進行近3小時的國安高層會議，在評估各方意見後，決議對菲律賓採取強硬措施，提出4項嚴正要求，正式道歉、賠償損失、儘速徹查事實嚴懲凶手，及儘速啟動台菲漁業協議談判。並下72小時通牒，否則將祭出3項制裁措施。
而在國安高層會議中，政府也決定展現強勢護漁作為，增派海巡、海軍艦艇前往南方海域，宣示決心。
72小時期限將屆前，菲國駐華代表白熙禮從菲國返台，原以為會帶來符合政府預期的結果，沒想到菲方版本一改再改，最後提出的結論完全無法讓政府接受，馬總統在記者會結束不到5個小時，隨即召開國安高層會議，也是84小時後第二度國安高層會議。
上午7時召開的會議，進行約1個多小時，不僅決議提升施壓強度，從第一波3項制裁，變成第二波8項制裁；時間壓力也從原本的72小時，變成只有8小時；措辭也相當強硬，用「授權不夠、誠意不足、反覆不定」，表達對菲律賓政府輕率敷衍的強烈不滿。
馬政府從一開始的謹慎以對，到漁船遭槍擊後相關物證陸續出爐，轉為對菲國的強硬態度，並在84小時內兩度提升對菲壓力，展現政府維護漁權、保障漁民的決心，接下來就看菲國政府如何回應。