旅菲南線台商會1名資深成員向中央社記者表示，菲國巡邏艇掃射台灣漁船是「海盜行為」，且早期勒索被捕台灣漁船的事件頻傳，應予嚴厲譴責，並嚴辦相關人員。
但他也補充，大多數菲律賓人對台灣人相當友好，盼各方能冷靜看待此一事件，情緒化的行為只會殃及無辜，「別忘了還有數千名台商定居在菲律賓，更何況台灣對菲律賓享有高額貿易順差」。
旅菲南線台商會每年陪同菲律賓前總統羅慕斯返台交流，且曾促成菲國地方城鎮與台灣締結姊妹盟。
另1名林姓退休台商說，如果菲律賓政府在漁船事件上沒有作為的話，他支持中華民國政府制裁菲律賓，但從客觀角度來看，「抗爭需不需提高到國與國或社會對社會的層次」？
他說，過去幾年來台菲關係維持得不錯，也常讚揚外勞對台灣經濟發展的貢獻，盼勿因菲國不肖官員的個別行為，來懲罰離鄉背井謀生的弱勢勞工。
林姓台商說，菲方都講了，先完成調查，該道歉就會道歉，當務之急是回到問題本質，謀求長遠的解決之道。