總統馬英九促菲律賓12日凌晨起的72小時內，為漁船射擊事件道歉、賠償、懲凶和啟動漁業談判，否則政府將採取凍結菲勞申請等抗議措施。
菲律賓至今仍無正式道歉回應，行政院勞工委員會對外透露，漁船遭射殺事件重大，這次一旦凍結，將祭出最高層級措施，除了新申請案不予核准外，即使已取得招募許可者，只要菲勞未入境，外館將同步禁止核發菲勞簽證，一律不准引進；3年期滿出境再入境菲勞，也不能入境。
勞委會表示，配合國家整體政策，現正準備15日上午可能「全面凍結菲勞引進」公告作業的行政程序，凍結菲勞自公告起立即生效，但已經在台的8萬7000名菲勞，不受影響。
勞委會預估，凍結菲勞申請，高科技或電子產業受影響較大。至於有菲勞需求雇主可能會遇到欠缺人力的影響，勞委會表示，雇主還有印尼、越南等其他國家的外勞可供選擇。