5月12日，配合總統府的72小時最後通牒，海巡署宣布將增派台南艦、福星艦、巡護一號到南方海域，進行四天三夜的護漁行動（剛好72小時），國防部也將派出3600噸康定艦、配備配備S-70C直升機隨艦前往，並擴大偵巡範圍、增加偵巡頻率，全程配合海巡署的護漁行動。
72小時最後通牒，重提無效老調
馬政府的國安決議，包括兩個部分：一是72小時限期，二是制裁內容。提出72小時限期，具有兩層內涵：一是菲律賓5月13日即將舉行期中選舉，執政黨不便在選前示弱，更不可能立即認錯讓步；二是美國早在5月10日「呼籲雙方克制，勿升高緊張情勢，避免損及外交努力」，並對菲政府保證「將與台灣合作調查真相」表示歡迎。美國還說「一切等到菲方調查報告出爐再說」，表示美國的目前立場是「既不譴責、也不要求菲國道歉」。由於台菲並無邦交，美國所謂「避免損及外交努力」，其實已經暗示了美國將在幕後介入斡旋。
但馬政府限期72小時之後的制裁內容，卻完全不痛不癢，凍結菲勞申請，早已是老調重彈，十幾年來證明毫無作用。根據海巡署統計，13年來菲律賓公務船騷擾台灣漁船通報件數達31件，其中9起重大衝突造成2死1重傷，超過30名船員遭羈押2個月至1年半。2006年台東藉漁船滿春憶號在蘭嶼海域遭菲船搶劫，對方開槍造成1死1傷，當時也透過台菲聯合司法調查，台東地院還以殺人罪起訴2名菲水警，但殺人嫌犯至今仍然拒絕出庭，從當時執政的民進黨到現在執政的馬政府，始終毫無辦法，只能不了了之。
菲政府對台灣的不以為意，還包括2010年12月的台人遣送事件。當時菲律賓和中國大陸在馬尼拉逮捕涉及跨國詐騙集團嫌犯，菲國將其中14名台籍人士遣送大陸，引起極大風波。馬政府雖向菲國表達強烈不滿，最後仍只能透過兩岸共同打擊犯罪及司法互助機制，將嫌犯接回台灣審訊，凸顯出菲國完全不尊重我方主權。事後即使曾一度傳出台菲將洽商引渡條約，但最後也無疾而終。
由於歷史殷鑑不遠，馬政府繼續重提無效老調，難免在第一時間被媒體罵翻。媒體立即質疑，5月9日早已爆發射殺事件，為何還要從5月12日起等三天到5月15日，才能召回駐菲代表？原本親馬的聯合報也發出「我們還能等三天？」評論，痛批馬政府的麻木不仁。中國時報民調更有高達86%民眾不滿馬政府表現，認為立場太過軟弱。
菲狐假虎威不成，台灣淪為出氣筒
不管是軍力或整體國力，菲律賓都不是台灣對手，菲國何以如此囂張跋扈？馬政府何以如此猶豫軟弱？主因是菲國的野蠻行徑，背後隱含著中美博奕的政治角力，馬政府的危機處理策略，必將連動中美兩大國的介入方式。
畢竟，菲律賓早從2012年4月10日起，就在黃岩島與中國大陸爆發嚴重衝突，出動海軍抓捕12艘大陸漁船。即使菲國遠遠不是中國對手，但菲總統艾奎諾三世卻極為強勢，持續與大陸漁政船對峙長達9個多月，直到2013年1月21日，菲國才首度承認黃岩島已被中國大陸控制。
菲律賓敢於主動挑釁中國，甚至還曾表達不惜一戰的決心，主因是配合美國2011年啟動的「重返亞洲」再平衡戰略。2012年6月，菲國防部進一步宣布，將讓美國重新啟用蘇比克和克拉克兩座海空軍基地，自願成為美國軍事前沿佈署的成員。早在1971年，菲律賓就佔領距離太平島不遠的南沙群島第二大島中業島，並陸續佔領8個南海島礁。2010年5月阿奎諾三世當選總統之後，更積極推動南海攻勢；2011年7月，菲國會議員登陸中業島宣示主權；2012年4月，就在黃岩島爆發中菲衝突之後不久，菲國更宣布將在中業島開辦小學，並加強碼頭建設。在阿奎諾強勢推動的南海攻勢背後，顯然都有美國撐腰。
也只有在美國重返亞洲、美菲緊密聯手的國際背景下，我們才能理解菲國對台灣漁船強硬動手的真正原因。今年4月5-17日，菲律賓與美國展開第29次「肩並肩」（Balikatan）聯合軍事演習，儘管只是1991年以來菲美兩國的年度常規聯合軍演，但菲律賓在近兩年來，卻不斷誇大菲美之間的親密軍事同盟關係。一個合理的推論是：歷經9個多月的激烈鬥爭，菲律賓在今年1月21日敗出黃岩島之後，正痛感有氣難伸，但在4月17日剛與美國「肩並肩」聯合軍演之後，突然感到意氣風發，就在5月9日把台灣漁船當成報復中國的出氣對象了。
馬投鼠忌器，美國第一時間遙控
台灣漁民無故淪為菲律賓的出氣筒，馬政府當然有所了解，但美國早在事發之後一天5月10日，就緊急呼籲台灣不要升高緊張情勢，並暗示美國將透過外交手段幕後處理。根據過去台美互動經驗，美國很可能早在5月9日第一時間，就已經透過駐美代表金溥聰轉告馬不要輕舉妄動。5月11日馬政府召開國安會議，恐怕只是照「金」宣科、重述兩天前的轉述意見而已。
畢竟，去年12月1日馬突然宣布將由金溥聰擔任駐美代表，當時即傳出美國對馬政府9月與日本的保釣衝突頗感不快，抱怨無法在第一時間掌握馬的對外決策，因此馬不得不換掉表現不惡的袁健生，改派第一親信金溥聰使美，藉此安撫美國不滿。金上任之際，即宣示未來台美關係，將以「三零」（零意外、零時差、零誤差）為主要目標。就此而言，這次台菲衝突事件，正好作為美國測試馬政府能否落實「三零」決策的試金石。
對美國而言，台菲同屬親美陣營，儘管菲美之間具有正式的軍事同盟，但台美之間也有實質的軍事同盟，二者都是美國未來推動南海布局的重要夥伴，美國並不樂見台菲因為漁民射殺事件導致關係惡化，甚至還可能因此導致中國趁虛而入，再度造成類似去年9月「兩岸聯手保釣」的「兩岸聯手抗菲」不利局面。因此美國早在第一時間了解射殺事件大概之後，即告知金溥聰美國可以幕後協助處理，希望台灣不要抗菲過頭，更不能聯手大陸抗菲，造成局面難以收拾。
問題是，台菲漁業矛盾已經累積數十年，菲律賓惡劣對待台灣人早已惡名昭彰，馬政府面對86％認為「政府太過軟弱」的不滿民調，實在很難低調處理。因此在5月11日國安會議宣布三點符合美國指示、但完全不受歡迎的軟弱意見之後，行政院又不得不在5月12日加碼派出海巡船和海軍展開護漁行動。
美菲只求解決個案，台灣追求制度協議
馬政府被迫派出海巡船和海軍護漁之後，儘管違反了美國「勿升高緊張情勢」的指示，但由於仍受制於國安會議的72小時限期令，充其量只能消極保護台灣漁船，並不能主動展示力量，展開驅趕菲船行動。
從5月12日起三天限期答覆，等於要求菲國在5月15日提出回應。由於菲國政府無賴成性，可能繼續堅稱駐台代表向家屬表達「慰問道歉」之意，就等於「政府正式道歉」，即使美國最後逼出菲總統府發言人說出「道歉」兩字，恐怕也是言不由衷，毫無誠意可言。
至於台菲聯合調查真相，訴諸司法懲凶，恐怕也很難落實。畢竟台菲之間並無引渡協定或司法互助，更何況司法程序曠日廢時，即使菲國初期受制於美國壓力，暫時假意配合調查，未來也可能訴諸拖延策略，甚至在聯合調查判定有罪之後，仍可繼續讓嫌犯逍遙法外，2006年殺害台籍船長的嫌犯正是如此。
至於對受害家屬的救濟，這是目前唯一較有可能落實的承諾，區別在於：到底是基於同情受害者的「補償金」？還是承認公務犯罪的「賠償金」？以菲國政府的無賴作風，恐怕也只會草草了事，即使受害家屬最後可能得到救濟，但菲國政府並不太可能承認是「賠償金」。
畢竟不管對美國或菲律賓來說，都只求趕快解決洪石成個案，不要讓射殺事件擴大為美國的南海布局困擾。因此對於菲國政府三天後的回應，美國只會以最低標準認可菲律賓的解決問題誠意，但對台灣人民或受害家屬來說，菲國三天之後的急就章回應，並不可能是我們期待的合理答案。
更何況，馬政府不只期待解決洪石成個案，還希望藉此走向台菲漁業協議，一勞永逸解決台菲之間的海域畫界糾紛。問題是，馬政府如果只會一面倒向美國，不敢全面運用台灣的軍事經濟籌碼，不敢與中國大陸「明分暗合」迫使菲律賓讓步，不敢在美中博奕的大局之中借力使力，台灣不管是誰執政，恐怕永遠也不可能在台菲之間，經營出類似「台日漁業協議」的重大成就。
台菲邁向海域畫界，要敢於使力、敢於借力
要走出美菲兩國只求解決洪石成個案、卻對台菲之間達成制度協議毫不關心的困局，台灣首先必須「敢於使力」，包括敢於訴諸軍經實力、敢於升高台菲緊張情勢、敢於對菲律賓提出洽簽各種協議的要求。如果「敢於使力」還不足以達成目標，台灣還必須「敢於借力」，亦即不排除與中國大陸「明分暗合」、「分進合擊」菲律賓，迫使美國必須正視台菲之間的海域畫界需求，為了離間兩岸聯手，美國最後將不得不施壓菲律賓讓步。
鑑於與菲國交涉效果不彰、菲國動輒違反國際法的慘痛教訓，台灣並無必要再自我受限於目前的北緯20度的暫定執法線，此後必須拿出軍事實力，增加海空軍在我國200海哩專屬經濟區內的巡弋頻率，並對越界進入的菲籍船舶，行使登臨、檢查、驅離、逮捕、扣留、提起司法追訴權限。唯有展現軍事實力，拉高談判籌碼，升高台菲之間的海域緊張情勢，菲國這種無賴國家，才可能真正與我展開海域畫界談判。
如果在「敢於使力」之後，菲國仍然拒不談判，台灣就要慎重考慮「敢於借力」策略，亦即敢於與中國大陸「分進合擊」，使菲律賓、乃至美國都感受到兩岸「明分暗合」的施壓情勢。由於台灣人民仍然恐懼大陸軍力介入台菲重疊海域，因此兩岸可以採取「大陸施壓黃岩島以西、台灣施壓台菲海域」的「分進合擊」策略。為了避免美國誤會，台灣也可事先公開聲明兩岸「分進合擊」的策略目標，只單純為了台菲海域畫界。只要美國體認到台菲漁業協議的正面意義，進而開始施壓菲律賓與我洽簽，台灣的「敢於借力」策略，就可大功告成、順勢結束。