針對菲律賓公務船槍殺我國漁民，台南市長賴清德12日表示，中央政府除透過外交途徑要求菲道歉、賠償損失、徹查事實嚴懲兇手、儘速啟動台菲漁業談判外，更應有積極的作為，為死者討回公道，並且在護漁方面做出長期且有效的方法。
市長賴清德說，對於馬英九總統在事件發生3天後召開國安會，採外交途徑解決，採取3項措施，為時略晚，但亡羊補牢，還是可以支持。
賴市長表示，中央政府對漁民的保護顯然不足，尤其是中央政府長期坐視菲台漁船糾紛不管，致發生憾事。如今，亡羊補牢猶未晚，中央政府應責成相關單位，對護漁措施，採行更積極且有效的方法。