台日雙方自1996年起，因應日本批准聯合國海洋法公約，並於同年7月20日宣布實施200浬專屬經濟海域（EEZ），開始進行漁業會談。
第17次台日漁業會談今（2013）年4月10日在台北賓館召開，終於完成台日漁業協議簽署。
農委會漁業署署長沙志一接受專訪表示，連同新增4530平方公里後，共7.4萬平方公里海域，不論原本作業海域或新增海域，台灣漁船都可安心合法捕魚了，5月鮪魚季展開當下，已經適用。
而台日漁業協議適用的主要漁獲魚種有鯖、（魚參）、黑鮪、黃鰭鮪、鰹、鯊、旗魚、鬼頭刀、鎖管及鯛魚為主。
作業船數及年漁獲量方面，近3年協定水域內每年平均約有800艘以上漁船作業，漁獲量推估4萬公噸以上。作業漁民包括蘇澳、基隆、瑞芳、東港、小琉球及頭城等區漁會漁民。
不僅沙志一說，排除氣候變遷無法預計海洋資源會否減產，安心作業可增加1成以上漁獲量。蘇澳區漁會理事長陳春生也說，以後捕魚不怕被騷擾，漁獲量應會增加，感謝漁業署努力。
根據漁業署統計，民國95年到102年4月10日台灣漁船遭日方公務船干擾計252艘次，方式包括以漆彈、發送警告單、監視、阻撓收漁具等，而協議作業區內不再發生這些干擾。
沙志一說明，目前確定延繩釣20噸以上漁船，要裝設結合衛星通訊的漁船監控系統（VMS），以利監控作業執行；其次，捕黑鮪要先申報，並申請標示（漁獲文件計畫，CDS）；再者，5月起珊瑚船要在特地海域，即協議水域偏西作業。
關於此協議效益，不僅於提高漁獲。沙志一說，這是台灣與周邊國家第一個簽署雙方排除法令適用海域的協議，對奠定國家外交主權有一定助益，未來也可望引用到台菲協議談判上。
不過漁業署也強調，過去發生被日方連人帶船押到日本境內執法的案例，都是在超出暫定執法線以外的日本海域作業漁船，提醒新訂的暫定執法線，雖更寬鬆，超出此線以外的日本海域（靠近八重山群島），依舊不可前往捕魚。