悠活案主要爭議點是需不需要做環評。民國89年環境影響評估法修訂要求旅館興建或擴建，位於國家公園申請開發面積1公頃以上者，應實施環評。
業者認為悠活88年興建完成成立在先、環評法立法在後，不需再環評。
墾丁悠活渡假村董事長曾忠信自清「絕無惡意規避環評」，當初申請建照時，土地部分本來就可蓋旅館，並強調一切是接受墾管處輔導建議執行申請程序，1、2區旅館執照許可也是合法取得。
環保署綜合計畫處對此回應，業者在85年是以「集合住宅」申請建照，此部分確實不需要環評。但業者將住宅實質作為旅館使用，這部分就一定要環評。
行政院環境保護署綜合計畫處長葉俊宏說明，按環境影響評估法母法規定，開發單位申請許可開發行為時，應檢具環境影響說明書，向目的事業主管機關提出，並由目的事業主管機關轉送主管機關審查。而環評法定義的「開發行為」，範圍包括行為規劃、進行及「完成後的使用」。
「即使是已開發好建物要變更用途，也應遵照開發單位申請許可開發行為時，認定是否須環評的相關規定，」葉俊宏強調，悠活業者要將集合住宅變更為旅館用途，就應遵守。
另一個主要爭議點是，悠活1、2區能不能和3至6區切割做環評呢？
墾丁悠活業者自清「絕無惡意規避環評」，表示1、2區已合法取得旅館執照許可，切割原因是礙於民宅道路，旅館1、2區已屬合法範圍，不需合併全區送審環評。
但是環保署不接受這種說法，環保署認為，既有建物申請變更旅館，不該切割環評。葉俊宏反問業者，「按這邏輯，1、2區小於1公頃，也可3、4區送一次，5、6區送一次，這樣所有都小於1公頃，是不是都不用環評了？」
葉俊宏說，「環保署如此堅持立場，最主要目的就是要為環境把關，」如果今天不做如此認定，很多業者都會先蓋好建物不做環評，然後之後再申請變更。
悠活案一拖十幾年，官員的行政怠惰已讓民眾惡感，業者儘管可以和官署爭論不休，已難以寄望官署還敢在眾目睽睽下敢繼續「怠惰」下去。
國家公園的上級機關、內政部長李鴻源已宣示，3到6區確實是違規使用，如果環保署審議通過就合法，如果不通過，那政府就必須有後續作為。這雖和環保署全區環評立場不同，但也點出業者難逃環評。
有台東美麗灣渡假村補做環評的前例，又有社會輿論的強大壓力，以前要不要環評或許能爭議，以後一定得環評似乎已無疑義。因此，業者除了思考捍衛權益，也應早點面對環評，尋求合法解套方案。1020508
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（中央社記者鄭傑文攝 102年5月8日）