國民黨主席馬英九表示，10年前的SARS造成重大人員與財產損失，幸好衛生界很快從中學習教訓，開始全面改進防疫體系，所以面對2009年H1N1時，台灣的防疫表現在世界上已有一定地位，這次處理H7N9疫情也有了標準作業程序，心態上更是「料敵從寬、禦敵從嚴」，做法可說是中規中矩。
馬英九進一步表示，相關單位除了積極向民眾說明疫情，也很快決定禁止屠宰活禽，這相當重要，不但改變了長年以來的陋習，也對防疫更有利。
馬英九並指出，10年前SARS來自中國大陸，但當時大陸完全不關心台灣，相關資訊都從WHO而來，也非常有限；這次大陸一發現疫情就立刻通知台灣，並分享病毒株，顯然是兩岸3年前簽署的醫藥合作協議發揮作用。馬英九：『(原音)這次的話，他們一發現之後馬上就通報，通報之後，我們的公衛專家馬上就過去，過去之後，很快的，他們也同意把病毒株給我們，所以這方面，我們在3年前簽的有關醫藥方面的合作，顯然是發揮了這個作用。』
馬英九表示，到目前為止，衛生署的處理還算中規中矩，值得肯定，但防疫工作仍未結束，大家不能掉以輕心。他也希望大家要繼續保持警覺，只要每一步都沒有走錯，風險一定能降到最低，保障民眾的健康與安全。