衛生署食品藥物管理局指出，台灣核准的基因改造黃豆皆通過安全審查，而且為審查基因改造黃豆，曾邀集相關領域專家學者組成「基因改造食品諮議會」，由分子生物、農藝學、農業化學、毒理學、免疫學、營養學、生物化學、微生物學、醫學、生物技術及食品科學等相關領域專家學者組成，依據基因改造食品安全評估方法，逐案專業審查。
食藥局所審查重點包括產品的毒性、過敏誘發性、營養成分等等，也同時參考先進國家對該基改黃豆安全性評估結果，最後針對每件申請案加以檢驗，確認轉殖基因之表現情形，整體確保其食用安全，才會發給許可。衛生署每年監測250件以上食品，目前皆未有未經查驗登記許可之食品；根據該局統計，目前核准有12件基因改造黃豆，且皆公布於衛生署食品藥物管理局網頁。
另外，對於相關團體認為政府將嘉磷賽除草劑於基改黃豆殘留容許量提高，且高於毛豆及稻米；食品藥物管理局表示，黃豆的嘉磷塞殘留容許量自93年公告迄今年5月都未修改過，而嘉磷塞在各種農作物殘留容許量差異，是由於藥劑使用方式不同，經參考國際間標準，且評估國人經取食安全無虞後訂定。
食藥局表示，台灣對於黃豆殘留嘉磷塞殘留容許量為10ppm，與CODEX國際規範或歐盟美國及日本標準20ppm相比，已更為嚴格，且不論基因改造或非基因改造皆一體適用。
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