目前國內大型財經智庫主要有中經院、台灣經濟研究院、台灣綜合研究院等。相較之下，中經院因有官方背景，對政策的建言機會也較多。
1979年1月，美國與中華民國斷交，催生政府成立經濟研究智庫的構想；1981年7月1日中華經濟研究院正式成立，以財團法人方式，網羅國內外學者專家，研究國內外經濟情勢，並提出政策建言，供政府參考。
中經院容納不少政府財經官員，諸如前副總統蕭萬長、行政院國家科學委員會主任委員朱敬一擔任過中經院董事長；前經建會主委陳添枝擔任過中經院院長、前經濟部政務次長林聖忠，也曾在中經院WTO（世界貿易組織）中心任職。
現任中經院董事長則為前國安會諮詢委員梁啟源，院長為前中信首席經濟學家吳中書。
中經院第一研究所研究大陸經濟、第二研究所研究國際經濟、第三研究所研究台灣經濟。除此之外，中經院還設有經濟展望中心、WTO及RTA中心、財經策略中心、能源與環境研究中心、台灣東南亞國家協會研究中心、科技政策評估研究中心、中小企業研究中心、日本中心、區域發展研究中心等。
雖然第一研究所主要研究大陸經濟，但在當前兩岸議題中，WTO及RTA中心及區域發展研究中心也相當受到關注。
2002年因應台灣加入世界貿易組織（WTO），由經濟部委託成立WTO中心，研究世界各國各級產業，為與各國簽訂自由貿易協定（FTA）做準備；今年度，WTO中心還將名稱調整為「WTO及RTA中心」，以更加強雙邊及區域貿易協定（RTA）方面的研究與推廣。
WTO中心負責模擬談判、數據資料庫的建立與整合，在政府對外的經濟談判中有吃重角色，同時，與大陸商簽ECFA及ECFA後續協議的商談，中心也有積極的作用。
區域發展中心研究重點則為兩岸經貿談判相關議題，也包括區域整合及產業合作，正是當前兩岸經貿關係的發展趨勢。
由於身負政策參考建言的任務，內部研究之外，中經院也向外廣納學者專家意見，固定與財團法人工業技術研究院、及台大、政大、淡大等專業學者諮詢會談，延攬各種意見與專才，使中經院成為當前兩岸經貿談判中最重要的智庫之一。