2012年，北京SOGO遭房東蓄意調漲租金及干擾營運；另外，由藍天電腦轉投資的大陸百腦匯(Buynow)杭州店遭部分租戶聚眾抗爭，透過兩岸投保協議的協處管道，這些投資糾紛都已順利解決。
經濟部表示，兩岸積極處理所有協處案件，部分案件已獲得進展。投資處處長邱一徹：『(原音)陸方窗口，他們也都很積極處理，只是因為大陸很大，然後協處窗口是中央單位，很多發生地點是在地方，甚至是小鄉鎮，要一層一層交辦處理，確實是需要時間。』
兩岸投保協議自今年2月生效後，截至4月底為止，台灣送陸方窗口進行行政協處有42件，陸方也有2件送至台灣協處；只是需要協處的案件通常是兩造都認為自己有理，因此，兩岸官方介入協處時，通常也得顧及雙邊司法程序及法律等問題。邱一徹：『(原音)協處機制不是一個台商法院。我們現在碰到的問題，台商會覺得他希望協處速度要能夠更快，還有，他們希望協處的結果都能夠符合他們的希望。』
投資處表示，兩岸會定期討論案件的進展，希望能加速協處效率。