針對近來引起爭議的「雙薪教授」問題，台灣高等教育產業總工會指出，雙薪教授已領有國家退休金，卻仍在受國家大量補助的私校中再領一份薪水，因可為私校爭取更多補助與評鑑而成為「門神」，卻會因此擠壓甫獲學位的年輕學者機會，若不改革，將使得高等教育權力、利益與人情的不平等制度更加惡化。
高教工會指出，大量軍公教人員退休後，在領有確定給付的所得保障下，以退休時的最高職等，到私立大學任教，領取第二份高薪；問題在於雙薪教授一方面獲得國家保證之退休權益，另方面又在私校領取第二份薪資，而私校經費來源又有國家的大量獎助或補助，其實是由國家繼續負擔第二份薪資的一大部分。此種狀況根本違背了退休制度設計的理念，且因重複獲取國家早已困窘之財政預算，而使資源分配嚴重失衡。
高教工會說，部分私立大專校院為爭取評鑑和競爭型獎補助，會想盡辦法以高薪禮聘有能力在體制中獲得最大利益的「門神」。由此可見，雙薪教授問題一日不改善，此種盤根錯節的利益和權力交換結構，將會導致所有的教育經費補助措施失去公平性與正當性；而當人們普遍看到「只要有關係、有人脈就可拿到補助」的現象時，這在道德層次上對於高教的破壞，幾乎是難以復原的。
第三、高教工會說，目前2548位在私立大學佔據職位的軍公教退休轉任者，相當程度上排擠了甫獲得國內外博士學位青年學者的工作機會。這些具有學術創造力的新血，除了成為失業率統計中的一個數字之外，有的則成為「派遣化」的專案或兼任教師。
另外，年輕博士在研究階段所接受的訓練，通常會是該學科領域最先進的知識和技術，也可能是學術界的新典範，排擠效應不僅浪費博士人才，同時也浪費了國家總體科研的動能。
高教工會表示，雙薪教授已不是單純涉及能否再度就業的問題，更涉及產業經營者（私校辦學者）、政府決策相關官僚（教育部及公務人員）、學界既得利益者（佔據私校主管職位之眾多雙薪教授）三者間根深柢固的共同利益糾纏，因此其興革問題，是攸關我國高等教育能否繼續創新發展的重大課題。