故宮指導委員會委員由故宮院長提名，行政院院長任命核准，現任故宮指導委員會召集人林百里為前任院長周功鑫上任時提名通過，至今第三任沒換人。
財團身分出任 惹爭議
故宮指導委員會設置要點並沒有規定召集人必須具備何種專業。歷任主任委員或召集人包括：王雲五、嚴家淦、謝東閔、李元簇及李遠哲等人，林百里財團身分，算是相當特殊。
故宮院長馮明珠說，林百里是前院長周功鑫時代聘任的，「她以甚麼樣的條件聘任林百里，我還在找當年的公文，找到可以跟大家說明。」馮明珠說，林百里自己在中國藝術史的學養相當高，他的廣達基金會對於故宮有相當多的贊助，「他所做的跟故宮教育理念是一致的」。至於外界質疑故宮這樣會跟財團產生緊密的「互動」，馮明珠僅表示這是兩回事。
故宮指導委員會成立於一九六五年，委員數約二十一到二十五人，任期兩年，可續聘。該委員會必然成員包括總統府秘書長、行政院秘書長、內政部長、外交部長、教育部長、文化部部長、故宮院長，及「藝文界、新聞媒體、工商企業界人士」等。故宮指導委員會每年開一次會，必要時也可召開臨時會議。
指委一句話 盤點短少還敘獎
之前國寶第三次大盤點短少五件未現，該懲處相關人員未懲處，反而因故宮指導委員會的委員一句話「很辛苦」，就要嘉獎，可以看出故宮指導委員會的權限有多大。