台電公司九十九年十一月委託中興工程顧問公司進行「營運中核能電廠補充地質調查工作」，去年六月底完成。報告指出，恆春斷層未通過核電廠廠區，與核三廠最短距離約一．一公里，斷層陸域部分總長約十六公里，南灣海域有北北西走向發育的線型，應為恆春斷層的南延，長度約二十三公里；往北至竹坑溪外海海域長度約兩公里，總長約四十一公里。
大門進入後200多尺 就有一條活斷層
報告並指出，恆春地區的ＧＰＳ觀測結果並無明顯位移，近一萬年來也無明確活動證據，屬於第二類活動斷層，但仍建議宜長期注意其活動性。
台大地質系教授陳文山表示，核三廠大門口進入後兩百多公尺就有一條活動斷層，他認為那條活斷層就是恆春斷層；縱使台電認為那不是恆春斷層，「但新一條活斷層這麼嚴重的新事證，台電應在結論寫出，但卻未寫出」。
陳文山綜合過去研究，指出恆春斷層可能往北延伸至屏東楓港，長度可能達到五十公里，恐發生規模七．一的大地震。
中央大學地質所教授李錫堤說台電委託鑽探公司調查地質的作法「簡直是開玩笑」；鑽探公司「只是挖一條溝，最重要的斷層開挖與定年都沒有做，缺乏專業人士把斷層錯動的那條活動線找出來。」
原能會副主委周源卿表示，隨著科技技術進步，會發現越來越多活斷層，回過頭來看核三廠，認為○．四Ｇ的耐震係數是以歷史上最大規模八．三地震所設計，因此應可抵擋規模七．一的地震。
不過，他也說，經評估若有需要，會要求核三廠爐心冷卻系統、緊急發電等安全系統加裝支撐架；並表示核電廠補充地質調查報告雖已進行兩次審查，月底進行第三次審查會議，但已先要求台電重新以四十一公里斷層長度評估核三廠耐震餘裕。雖然山腳斷層目前也還不確定是七十四公里或是一一四公里，但也已要求台電用較保守的一一四公里進行評估，將於今年底提出報告。