北市一○○學年度配合教育部逐步推動免學費政策，目前年收入在一一四萬元以下的家庭，子女就讀公、私立高職可免學費，僅需負擔雜費、實驗費等。就讀私立高中的學生，每學期只要付和公立學校相同的學費，剩下差額由北市、中央各補助一半；就讀公立高中者，目前沒有補助。
但一○三學年度將實施十二年國教，高中職學生不論家庭收入高低，全面免學費，北市教育局預估，明年推動免學費共需十三．四八億，以今年預算編列情況來看，將出現三億元的經費缺口。
郝龍斌六日至議會做「十二年國教專案報告」時表示，推動免學費增加的經費應由中央負擔，中央也同意這麼做。但他說，為符合公平正義原則，免學費政策應該有排富規定，和宣示十二年國教不排富的教育部長蔣偉寧意見不同。
教育局說，四月中已發函教育部，希望中央統籌支應各縣市實施免學費出現的經費缺口，目前所知至少高雄也有相同問題。現在高中職學費有依家庭收入所得做不同程度補助，即排富意涵，希望教育部能維持現狀，以免地方無法負擔。