台日漁業協議4月10日簽署，外交部晚間發布新聞稿表示，在政府堅持下，台日漁業協議第4條訂定「維權（disclaimer）條款」（前譯「免責條款」），確認協議各項規定不損及中華民國主權，及對海域管轄主張等相關國際法問題的立場，確保釣魚台主權。
外交部強調，中華民國絕未因簽署協議而放棄或減損對釣魚台列嶼主權的主張，絕非以主權換取漁權。
外交部表示，台日漁業協議漁權大幅進展，為台灣漁民爭取到超過台灣面積兩倍大（7萬4000平方公里）的作業水域，包括增加4530平方公里的高品質漁場，台灣漁民得以不受干擾進行作業。
根據台日漁業協議，外交部指出，台灣與日本將成立常設性的「台日漁業委員會」，持續協商其他雙方關切議題，包括協商未觸及的議題，增進雙方合作。
外交部說，「台日漁業委員會」的設置，增進雙方友好關係及漁業資源養護與管理都甚具助益，今後雙方基於誠信原則，忠實履行對雙方均有實益的協議，不可能任意終止。
外交部表示，中華民國對釣魚台列嶼一貫主張「主權在我、擱置爭議、和平互惠、共同開發」，近年來東海緊張情勢升高，影響區域穩定與和平，總統馬英九去年8月5日提出「東海和平倡議」，呼籲相關各方擱置主權爭議，並以和平方式處理爭端，共同開發東海資源。
外交部強調，「東海和平倡議」是基於「主權無法分割、資源可以分享」理念，中華民國在主權議題不作任何退讓的前提下，與日方同時擱置主權爭議，並以和平理性態度協商漁權爭議，劃定雙方共同養護管理區，使前後協商16次、耗時17年的漁權問題獲得解決。
外交部也說，國內媒體多肯定台日漁業談判獲得重大突破，朝野黨派、國內學者、漁民團體也表示支持；國際上，美國國務院表示樂見經由對話降低區域緊張情勢的所有努力，東亞、歐美媒體也報導台日簽署漁業協議的務實作法。