因應十二年國教在民國103年上路，立法院在100年三讀修正通過「教育經費編列與管理法」部分條文，將教育預算比率從原有的21.5%提升到22.5%，預計每年可增加新台幣200多億元，但因免學費政策，似乎讓預算有點捉襟見肘。
由於政府宣示高中職免學費，預計每年可能增加200多億元補助，外界擔憂經費不夠用，因此建議排富或增加教育預算。全國家長團體聯盟十二年國教民間辦公室執行長謝國清表示，免學費若排除家戶年所得114萬以上者，1年可省60億元經費，用來補助中低收入戶學生。
教育部委託專家學者擬訂的人才培育白皮書初稿也建議免學費排富，為爭取國教經費，更建議修訂「教育經費編列與管理法」，將教育預算比率提升到23%，不少立委也表示贊成。
中國國民黨籍立法委員蔣乃辛表示，教育預算先前增加的200多億幾乎都用在免學費，要推動十二年國教，一定要有充足經費，就算預算提升到23%都還不見得夠用。
由於經費還沒到位，就連地方政府也擔心要幫忙分擔。因此立委也在立法院教育及文化委員會提案，要求教育部籌措免學費不排富增加的經費，不移轉地方分攤。
教育部長蔣偉寧則公開表示，十二年國教的精神就是免學費，如果排富只怕衍生更多問題，因此仍朝免學費政策進行；教育部會盡力籌措經費，行政院也允諾盡力支持國教，明年一定會努力讓國教到位。
總統馬英九在建國百年元旦宣示推動十二年國教，轉眼間國教上路在即，但經費問題還無法完全解決，不免讓人民對國教產生疑慮。「巧婦難為無米之炊」，要推動國教，經費是基礎也是最大支柱，政府必須展現決心，經費到位才能安定人心，讓教育部無後顧之憂全力推動國教。