亞太和平研究基金會前身為歐亞學會，其後為擴大影響力，歐亞學會更名改組為中華歐亞基金會，主要研究領域為兩岸關係、大陸研究與國際關係。
縱使在2000年政黨輪替後，中華歐亞基金會也備受民進黨政府重視，當時被視為民進黨政府兩岸關係重要智囊的前國安會諮詢委員兼副秘書長陳忠信，就曾隨歐亞基金會訪問大陸。
2008年政黨再度輪替後，國民黨重新執政，中華歐亞基金會大幅改組，並更名為亞太和平研究基金會，由淡江大學大陸研究所教授趙春山擔任董事長，並網羅國內兩岸關係研究各領域的重要學者擔任董事。
亞太基金會除了進行兩岸議題政策研究，送交研究成果作為政府制定政策參考外，也擔任兩岸間重要智庫與台灣藍綠智庫互動的平台，因此被外界視為馬政府在經貿議題之外最重要的兩岸議題智庫之一。
亞太基金會聚集不少兩岸領域的民間重量級學者，除董事長趙春山之外，副董事長為臺灣大學行政副校長趙永茂、執行長劉光中、副執行長淡江大學美洲研究所教授陳一新；董事包括國家安全會議諮詢委員邱坤玄、外交部常務次長史亞平、國民黨大陸事務部主任高輝等，有學界人士形容，是國內少數能「直達天聽」的兩岸研究機構。
因為在政策方面的影響力，每年亞太和平基金會接待不少來自大陸及其他國家的團體、個人拜會，此外，亞太和平研究基會與中國社會科學院台灣研究所、上海台灣研究所、中國現代關係研究院等大陸智庫研究機構，也都有固定的例行邀請訪問，與大陸各主要智庫互動良好。