金門縣政府港務處表示，今年1到4月小三通出入境人數43萬1000多人次，較去年同期47萬4000多人次，少4萬2000多人次；但依據以往經驗，小三通入出境人數每月起伏不定，到年底統計後才較明確。
金門小三通去年出入境145萬8000多人次，較民國100年147萬4000多人次減少；這是金門開放小三通11年以來首次出入境人數負成長。
移民署金門國境隊統計，今年1到4月小三通出入境大陸民眾（含香港、澳門民眾）10萬1315人次，較去年同期的13萬5974人次，少3萬4659人次；其中今年4月入出境4萬253人次，較去年同期6萬4070人次，減少2萬3817人次。
大陸4月傳出H7N9禽流感疫情，金門小三通碼頭加強入境旅客檢疫、出境旅客宣導。縣府港務處與金門國境隊對是否影響小三通旅客出入境人數不置可否，表示還要深入分析。
金門大學國際及大陸事務系主任邱垂正則表示，金廈小三通的「邊緣化因素」已產生，民間與公部門應該努力提升「加值化」，以增加誘因。邊緣化的因素不斷惡化中，如兩岸直航票價越來越具競爭力，且中共積極推廣大陸福建平潭島到台灣的海上直航，估計今年要搶走20萬的客源。
邱垂正建議，小三通應不斷提升加值化服務，如入境通關流程簡化、陸海空銜接的效率與舒適，以吸引兩岸更多旅客選擇小三通航線。
金門水頭碼頭排班的李姓計程車司機指出，許多旅客選搭兩岸直航班機，小三通碼頭到金門機場的生意差很多，有時候一天跑沒兩三趟。