調查局台北市調處證實，已將台大醫院創傷醫學部主任柯文哲列為「貪瀆案犯罪嫌疑人」，案由是偵辦學者假發票核銷國科會計畫補助，要求到案說明。柯文哲為此批評，「天啊！林益世沒有貪汙，結果是我貪瀆，這個國家是瘋了。」
柯文哲表示，他每年都有好幾個國科會計畫補助案，實在不知道是哪一個案子，且報帳都是助理在做，老闆怎麼搞得清楚，他又沒有報假帳去買冷氣機，也沒收紅包，他批評，「這個國家真的需要改革，不能再讓這些人這樣搞下去。」
調查局台北市調處表示，確實發出約談通知書，是因偵辦學者以假發票核銷國科會補助，要求柯文哲以「貪瀆案犯罪嫌疑人」身份到案說明，其餘細節則不便說明。
身為葉克膜權威的柯文哲說，他的錢通通交給老婆管，印章、存摺也都給老婆保管，老婆看到「貪瀆案犯罪嫌疑人」的約談通知時還問他，「錢呢？」。
家境優渥的柯文哲曾說，他爸爸在當醫師的第一天就對他說，「你放心，你的退休金我已經準備好了，不用看人臉色」。柯文哲疲累時還曾說，「我乾脆去當和尚好了」，柯爸爸也說，「好，那我幫你蓋一座廟」，家境十分優渥。