反觀當年辜汪會談所簽署的協議，無論「兩岸公證書使用查證協議」、「兩會聯繫與會談制度協議」等，即便經過二十年的時間都還能夠持續運作，甚至成為兩岸兩會基本互動的主要模式。
二○○八年馬政府上台後，兩岸先簽空、海運等協議，國共雙方同意界定為「兩岸特殊航線」。
由於中國堅持排除第三國航空公司的參與，加上我方自我設限配合之下，兩岸航線因寡佔及缺乏市場競爭，也讓票價居高不下。另外，真正具有商業利益以及符合民眾福祉的延遠權，例如我飛至對岸的飛機，能否再續飛至其他國家，這些都付之闕如。
另外，中國在北京奧運期間隱瞞的三聚氰胺毒奶粉事件爆發後，當時兩岸正要簽署協議，為避免台灣人民不滿，國共趕緊塞了食品安全協議，宣稱台灣受害廠商可據此求償，但簽署至今四年多，我方雖集體索賠，希望對方重視，仍是求償無門。
二○○九年兩岸簽署共同打擊犯罪及司法互助協議，我方宣稱對岸完成遣返二六六人，但進一步檢視，我方在意的經濟要犯如陳由豪等人，明明就在福州廈門開工廠，今年還邀請當年大學同學公然舉辦同學會，但就是「遣返無門」；上週法務部終於坦承陳由豪拿到中華人民共和國護照，等於宣稱所簽協議沒有效用。
當地台商透露，陳由豪雖然曾被北京政府捧為「打扁英雄」，但隨著中國高層人事更迭，陳早已不是那樣地「吃得開」，陳由豪自己都向周遭朋友坦言，他個人行動一直被監控著，要離開中國大陸更得獲得政治批准。對於這位根本就屬中方「囊中物」的陳由豪，法務部無奈說「因素較為複雜，且受限於中方配合意願不高」，顯示能不能遣返，還得看北京的「臉色」。