疾管局副局長周志浩指出，疫情中心已修正臨床診治指引，對於肺炎或重症插管病患，將建議醫師除了咽喉拭子採檢外，亦抽取下呼吸道氣管內痰液進行採檢，至於輕症，則仍維持咽喉採檢。
有專家指H7N9應改用鼻咽拭子採檢，而非喉頭拭子，疾管局防疫醫師羅一鈞表示，疾管局要求以咽喉採檢，即包括鼻咽及喉頭拭子兩種，文獻指兩種所採集的病毒量是相當的，醫師要以鼻咽及喉頭採集檢體都可以，只是鼻咽拭子要深入鼻腔的底端會很不舒服，病患接受度低。
但台大醫院小兒感染科主任黃立民指出，如果確定H7N9禽流感也是鼻咽部檢體病毒量比較多，那麼未來即便病人較不喜歡鼻咽部採檢、仍可能得改採鼻咽部檢體。
H7N9難纏 克流感治療有黃金期
另外，首例曾投予克流感藥物，仍變成重症，周志浩表示，此次是因醫師對病患投藥時間太晚，超過黃金四十八小時，反過來說，病患若未投予克流感，現在病情是否會更嚴重？沒人知道。黃立民指出，篩檢結果是否陽性並非開立克流感的標準依據，正確方式是依據患者是否有類流感症狀？是否發燒超過四十八小時？是否屬於高危險群（也就是有慢性病、肥胖或是懷孕等狀況）？抑或家人是否感染等，只要符合診斷標準，就可以開立克流感。
此次H7N9禽流感「跳過」與中國更接近的香港、出現在有一水之隔的台灣，也令不少人跌破眼鏡，周志浩表示，H7N9禽流感流行的省分都是台商集中、活躍的地區，台灣出現的風險本來就高過香港，重點還是民眾如果到過發生H7N9的幾個地區，回台後有發燒等症狀，一定要就醫、並說明旅遊史；同時，做好自主健康管理。