環保局表示，南星計畫區的地下水採樣，「砷」的檢測值均遠低於地下水管制標準值(0.5ppm)；且都在上述標準值的十分之一以下，最高濃度僅約0.0478ppm。至於環保團體提出海水底泥的重金屬，包括「銅」、「鎘」、「鉛」、「鋅」等檢測值，環保局強調，一般底泥的重金屬檢測有兩種方法，分別是「溶出試驗方法(TCLP)」及「總量分析方法」，各有不同的管制應用及判定標準；而環保團體將上述兩種檢測方法的測值混為比較，才會誤判以為有數百倍的落差。
環保局也指出，對於南星計畫區附近海域的底泥監測，目前為止，各項監測結果，均未超過環保署所規定的上限值，依法尚無需採取應變措施。環保局也強調，南星計畫為一安定掩埋場，主要掩埋營建剩餘土石方、建築廢棄物或經中央主管機關公告的一般事業廢棄物等性質安定物質。
不過，對於環團指出地下水砷濃度近年來雖有漸升趨勢，雖然均未超標，環保局還是表示非常重視，雖然初步判定應與填築材料並無直接關聯，但為找出可能發生原因，將委託合格檢測機構或學術單位進行調查分析。
環保局陳金德局長也特別指出，環境監測數據是非常專業的領域，相關的數據及分析都需要審慎的解讀及研判，故對於南星計畫區的環境監測，除委託專業的檢測機構執行外，每年的監測報告，一定會邀請外界的學者專家共同審查，以確保監測結果的公正客觀。
不過，對於彰化、台南地區的環保團體，特地南下關心高雄的環境品質，高雄市環保局還是表達感謝之意，也對於監測數據的錯誤解讀提出澄清及說明，並表示雖然南星計畫區的填海工程已告一段落，但為了確保當地民眾健康及環境品質，仍將持續辦理各項環境監測工作。