這項報告在有關台灣部分的結論指出，總統馬英九在2012年當選連任，這場大選是1場自由和公平的選舉。國家安全部門必須向民眾授權的政治機構負責。
台灣在人身自由、拘捕與監禁程序、司法審判、集會結社與網路自由、選舉與政治自由、歧視虐待和人口販賣等項目中，皆受憲法和相關法律保障。
報告分析，台灣的人權問題和去年類似，主要是貪污和針對婦女兒童的暴力行為。2012年前7個月，台灣司法機關告發576名政府官員，當中包括40名高階官員涉及貪污。
雖然強暴、包括婚姻伴侶的強暴在台灣皆屬犯罪行為，但報告指出，針對女性的強暴和家庭暴力仍是嚴重問題。受害者由於社會禁忌，許多人隱忍不報。報告引述台灣官方估計，台灣性侵案件的實際數字是舉報件數的10倍。
至於家庭暴力，報告引用中華民國法務部截至去年9月的資料，共有8萬6240宗涉及家暴的報案紀錄，司法部門共起訴2592人，當中1948人被判刑定讞，並對受害者發出1萬111項保護令，台灣的法院受理後平均不到6個月即可宣判結案。
報告指出，兒童受虐仍是廣泛的問題，根據中華民國內政部家庭暴力及性侵害防治委員會統計，截至2012年8月，全台灣總計有1萬9936起虐待兒童案，共有1萬6330名受害者。中央、地方政府和民間機構，持續努力尋找並幫助受害的兒童與家庭。
報告認為，台灣的監獄和拘留所情況符合國際標準，獨立人權觀察者可探視受刑人，所有受刑人皆有完整的被探視權。
報告還關切前總統陳水扁在獄中的狀況，台灣執法部門允許非政府獨立組織調查監獄情況。去年7月，2名外籍醫師和1名外籍學者探視陳水扁，之後提出報告對他身心狀況表示關切，認為需要進行完整醫學評估。
人權報告指出，觀察者認為陳水扁在獄中受到不當對待，但法務部認為，他已獲適當醫療，情況不符保外就醫規定。