陸委會表示，兩岸已實施大三通，現行離島小三通已在大三通範圍內，這屬兩岸正常化往來，不再是試辦。不過，為延續小三通先試先行政策，在大三通基礎上，仍給予離島兩岸交流上特殊優惠地位，因此提出兩岸條例修正草案。
根據修正草案，增訂對自金門、馬祖、澎湖地區進口並完成通關程序的大陸物品，違規中轉至其他台灣地區者的罰則；草案規定，違規者，海關得處行為人貨價一到三倍罰鍰，或沒入或併沒入其貨物。但情節輕微者，得減輕或免予處罰。
草案並刪除金門、馬祖、澎湖試辦小三通規定，明訂金門、馬祖、澎湖地區與大陸地區往來相關事項，由行政院另實施辦法訂定。
此外，草案也刪除原先禁止台灣地區物品經金門、馬祖或澎湖中轉大陸地區規定，並增列輸入金門、馬祖、澎湖的大陸地區物品，以郵寄或旅客攜帶方式運往其他台灣地區者，其項目、數量超過規定的限制範圍者的處分。