如果簡單地從漁業問題來看，台灣漁民在「協議適用海域」的作業權益獲得了保障，作業範圍較以往擴大了1,400平方浬，對台灣漁民特別是對蘇澳漁民來說是可喜可賀之事。然而，對於沖繩，特別是八重山石垣等島漁民來說卻是威脅和犧牲；怪不得，從沖繩縣長以下的全島民都群起反對。
為什麼一向對亞洲各國頤指氣使、寸土不讓的日本右翼政府，這次卻不顧反對，寧可犧牲沖繩的權益，特別送給馬政府這份大禮呢？真如外交部所說是日本基於馬英九「東海和平倡議」理念，「對等互惠」的成果嗎？
否！這是一場東海政治上的「餌戲」。日本以犧牲沖繩居民漁權釣取了台灣在釣島問題上「不折騰」「不與大陸合作」；台灣則高高興興吞下了魚餌，換取了每年4萬噸的漁獲量（每年還要「日台漁業委員會」核定）還有美國的「歡心」。有評論形容這場「餌戲」的政治效果是：「台灣驚喜、日本竊喜、美國放心、大陸尷尬」。
台灣官方一再強調，外交大突破且在釣魚台主權上並沒有讓步，但只要看看日本媒體的報導，就知道台灣官方有多麼阿Q。有右翼色彩的日本《每日新聞》報導稱，日本急於拉攏台灣是為了防止兩岸在保釣上合作，並避免台日對立。《朝日新聞》明確表示：日本做出犧牲可以分裂大陸與台灣，令他們無法組成在主權問題上對抗日本的聯合陣線。可見日本媒體對這場「餌戲」的普遍解讀是「離間中國大陸和台灣」，雖然日本官方否定有「牽制中國大陸的意圖」。德國《柏林日報》的分析則一針見血，認為「日本的舉動一箭雙雕，接近台灣的同時造成兩岸新矛盾」。
《沖繩時報》社論說，正窮於應付中國強大保釣壓力的日本取得了「阻止中台聯手」的巨大政治利益，台灣則獲得漁權的經濟利益，而沖繩則被迫為「國家利益」犧牲，甚至在加深中日對立中受害。另一方面，日本促成了沒有外交關係的日台間簽署官方協議，和組成「日台漁業委員會」，正印證了最近日本從各方面默默推進兩個中國政策的事實，時代已倒退到1972年之前。結果是台灣正不斷地被誘入日美包圍中國大陸的棋局中。
雖然馬政府不斷以「不會以主權換漁權」來阿Q台灣民眾，但實際上，用4萬噸漁獲換來的正是斫斷台灣社會的保釣原動力，沒有這原動力哪有主權？同時馬政府卻不阿Q，他們正理性地讓美國「高興」。美國前副助卿薛瑞福兩個月前曾奉勸台灣，在釣魚台問題上不要和大陸合作，並且要台灣積極與東京合作，否則美國不高興。這才是日台協議的真「文本」。（台灣社會科學研究會）