儘管高鐵炸彈案嫌犯已到案，並初步排除政治動機，國安局特勤中心仍持續提升馬總統維安警戒層級並加強安檢，不敢有任何維安疏漏。
高華柱坐鎮衡山指揮所
這次演習軍方改由參謀總長嚴明陪同三軍統帥視導，國防部長高華柱罕見地未出席，也引發外界有關高華柱和馬英九間是否出現嫌隙的揣測。
國防部軍事發言人羅紹和昨晚特別澄清說，這次漢光演習在全台各地展開，並非僅在澎湖舉行，因此高華柱率同副參謀總長兼執行官陳永康和海、空軍司令坐鎮台北衡山指揮所指揮；且南、北韓情勢仍舊不明，所以高華柱必須留守台北，以防突發狀況時有所因應，相關考量也都已向馬總統報告並獲同意。
馬總統上任後，因取消漢光演習實彈操演，五年來，僅有兩次前往屏東三軍聯訓基地主持校閱小規模實彈射擊的聯勇操演，並有一次到九鵬基地視察三軍飛彈射擊測考；幾次視導漢光演習，都遭批快閃。
今晨在澎湖登場的「漢光二十九號」演習，不僅是馬政府上台後首度恢復實彈射擊，也是馬總統首度前往外島視導有實彈操演的漢光演習。配合今晨六時的演習，馬總統昨晚即搭乘專機飛抵澎湖，並第一次夜宿陸軍澎防部營區。
這場近年罕見且吸引國內外媒體百餘人採訪的國軍實彈演習，主要模擬對於進犯共軍進行反登陸作戰，全程將進行四十二分鐘，馬總統將在演習結束後發表談話。
此外，本週展開的「漢光二十九號」演習，除在澎湖進行實彈射擊外，昨天在新北市淡水也進行反突擊、反滲透演練，空軍IDF、幻象兩千戰機及C-130H運輸機也執行戰備轉場訓練，以驗證戰力保存效能；陸軍十軍團則進行反特攻演練，藉以驗證聯合作戰與國土防衛機制。