行政院大陸委員會發出的聲明稿指出，行政院院會11日通過「大陸地區處理兩岸人民來往事務機構在台灣地區設立分支機構條例」草案，並送請立法院審議，就在野黨和少數媒體對草案提出質疑，陸委會特別予以澄清。
聲明說，去年在第8次江陳會談中，兩會已經同意就兩岸兩會（海峽交流基金會、大陸海峽兩岸關係協會）互設辦事機構議題進行意見溝通，經政府審慎評估且依民意調查結果顯示，有高達7成民眾贊成兩岸兩會互設分支機構，因此因應當前兩岸關係需要，提供兩岸民眾服務和協助，政府將這項工作納入優先推動大陸政策的重點工作之一。
陸委會強調，兩岸兩會互設辦事機構是以服務兩岸人民為宗旨，定位為兩會的分支機構，同時也是建構兩岸穩定與制度化互動模式，促進兩岸關係朝正向發展的重要指標。分支機構的設置「既不涉及政治前提，更不會探討政治議題」。
對部分媒體及外界質疑草案內容採概括授權方式，有空白授權之嫌，陸委會表示，採取這樣的立法方式，一方面是兩岸條例也採相同立法體例，另一方面是考量雙方就草案進行溝通與協商，具體內容涉及兩岸互動，待雙方協商確認，為符合法律保留原則且確保我方談判空間，相關辦法和授權事項將在協商確定後，報請行政院核定，且依中央法規標準和立法院職權行使法規定，進行國會監督程序。
陸委會指出，草案中訂有保障和便利措施等，是基於便利執行職務的需求，且須「基於對等原則」，但尚待雙方協商確定具體範圍和內容，若無尊嚴對等，就不會有相關保障和便利措施。
陸委會強調，就上述草案立法相關事宜，政府將進行充分準備和完善配套，協商過程中也將秉持對等、尊嚴的原則，就協商進度與協商共識，以公開透明原則，充分與國會、社會進行溝通、說明，減少民眾疑慮。