翁啟惠表示，自己看法「與檢察總長一致」，認為「公款私用」與「公款公用」罪罰應有所區別，如果只是核銷項目兜不攏，並沒有一毛錢進私人口袋，則應根據教授行為犯意、制度面與法律面等三方面考量再來判定，不應以不符合比例原則的貪污重罪來治罪，否則將重挫學術界士氣。
國科會、中研院與教育部等學界三巨頭在今年一月曾聯名發表對教授假發票案的聲明，呼籲檢察官檢視科技基本法第六條最後一項，對科技預算所補助的計畫採購，本刑罰謙抑的原則，不再以貪污治罪條例追訴。
教育部長蔣偉寧昨天晚間表示，林昭任雖然是公費公用，但過程還是有不對的地方，為此也已經誠心表達過歉意，如今能獲得改過的機會，他個人表示感謝，也期勉林昭任未來把教學及研究做得更好。
教育部次長陳德華昨表示，不實發票案引發社會高度關切，不但對大學造成重大衝擊，教育部、國科會、大學等也都向社會致歉，此事也呈現研究計畫報銷制度的彈性不足，國科會已提新制度辦法。
補破網 國科會提新報銷制
陳德華強調，「不實發票案」絕非好事，流到個人口袋更是不能接受，該負擔的法律責任不能推卸，但在懲戒量刑上，若教授「公款公用」卻遭貪污罪論處，也確實過重。
台大︰重要的里程碑
台灣大學主任秘書張培仁欣慰說：「這是個重要的進展。」張培仁認為，從長遠來看，最高法院的認定相當重要，「應可建立一個觀念，研究與一般行政是有差異的。這不只針對此事，未來科技、研發等事務都能有彈性，這是相當重要的里程碑。」
政治大學校長吳思華昨也說，學者行為仍應遵守法律規範，重點是藉此機會檢討制度問題，不實發票事件爆發後，國科會、教育部已修改並鬆綁相關規定，是不錯的發展。