條例草案及說明指出，主管機關許可大陸處理兩岸人民往來事務機構（例如海峽兩岸關係協會）在台灣設立分支機構時，應注意「是否符合國家利益」、「是否符合對等原則」。
條例草案依對等原則，授予大陸處理兩岸人民往來事務機構在台分支機構以下權利：1、館舍不可侵犯，非經負責人同意，不得入內；2、財產免於搜索、扣押、執行及徵收、3、檔案文件不可侵犯。
4、免於民事、刑事及行政管轄（有4種情形不在此限）；5、電信及郵件免除檢查，並得以密碼方式行之；6、稅捐徵免；7、公務用品進出口便利；8、其他經行政院核定的保障及便利措施。
行政院大陸委員會主任委員王郁琦指出，海峽交流基金會到大陸設置辦事機構的相關配套措施在整理中，他指出，會很快處理。
王郁琦說，目前雙方互設辦事機構的經貿、文教、聯繫、交流、急難救助協處等功能有很高共識，會繼續向對方爭取其他實質功能，例如辦理旅行證件。
之前王郁琦接受中央社專訪時指出，兩岸不是國與國關係，海基會和大陸海協會互設辦事機構避免形成此一印象。
淡江大學中國大陸研究所所長張五岳對中央社記者指出，兩岸目前政治互信還不夠，處理相關事宜小心翼翼；台灣重視的是平等互惠，服務性、綜合性、漸進性的推動兩岸關係；兩岸兩會互設辦事機構，是非常重要的一步。