台日第17次漁業會談雖然簽署了協議，不過，台灣代表團在會中仍重申釣魚台列嶼為中華民國固有領土，也是台灣的附屬島嶼，更是我漁民長久以來的傳統漁場。此次漁業會談，雙方是針對專屬的經濟海域漁業作業安排達成協議，沒有涉及雙方對釣魚台主權的主張。不過，我方仍要求在協議內容列入「免責條款」，以確保協議各項規定不會損及台灣對釣魚台以及相關海域的主權。
外交部長林永樂說：『(原音)協議第4條清楚說明，本協議所有的事項以及未實施而採取的措施，均不得認為影響到雙方具權限之主管機關，有關海洋法諸問題之相關立場。所以免責條款對於雙方主權的主張有擱置的意義，未來相關議題會透過漁業委員會進行協商。』
林永樂也指出，協議內容針對主權部分絕對沒有任何模糊字眼，釣魚台列嶼周邊12海浬仍是屬於中華民國主權和所及的領海，台灣絕不會以主權換取漁權，未來也會和日方持續協商、擱置爭議。