H7N9禽流感疫情擴大，截至4月6日為止，上海再新增2名病例，目前已有18人感染、6人死亡。面對中國大陸H7N9流感病例持續增加，每周往返兩岸五百多班的航班會不會成為防疫缺口？引發關注。
華航、華信表示，已於4月3日成立專案小組，從航機清潔、餐點供應到服務人員，全面加強防疫措施。餐點供應部分，已調整雞、鴨等禽類食材使用比例；艙內空氣過濾採高科技循環系統，維持空氣品質；機上亦備有口罩，旅客可向空服員索取。
長榮、立榮則表示，大陸返台班機除了將以特製消毒劑進行全機消毒外，也將暫時取消使用大陸之雞、鴨及蛋類等食材，並視後續情形調整防疫作為。