臺南市衛生局為因應大陸人類H7N9禽流感疫情，保護市民健康，呼籲醫師們提高警覺，對於符合人類H7N9禽流感通報定義者，以及不明原因嚴重肺炎病例、肺炎群聚、醫護人員感染不明原因肺炎等事件，應依法通報衛生局，並加強醫院之感染管制措施。
衛生局呼籲民眾前往大陸，應避免勿接觸禽鳥類，尤其勿撿拾禽鳥屍體；食用雞、鴨、鵝(含蛋類)需注意完全煮熟，避免生食，並落實洗手等個人衛生措施，避免感染。
上海、江蘇、安徽及港澳入境之旅客，返國時如出現發燒或類似流感症狀，應告知航空公司人員及機場港口檢疫人員，就醫時應主動告知醫師旅遊史，供醫師做判斷，返家後如有不適，應戴上口罩盡速就醫。
臺南市府為因應中央成立流行疫情指揮中心，以成立疫情應變小組，由衛生局長林聖哲擔任召集人，及時掌握國內外疫情也利早日診斷、早期治療。
另已協請成大醫院P2
plus級實驗室完成整備，也建請行政院衛生署中央疾病管制局提供病毒株給成大醫院以為陽性對照之參考，民眾疫情通報請撥打關懷專線1922洽詢。