由於博鰲亞洲論壇的經濟取向及國際背景，2008年以來一直是兩岸高層會面的重要場域之一。同時，總統馬英九多會在行前會見博鰲論壇代表團，有時也會藉此傳遞重要訊息，使博鰲代表團團長時或成為兩岸少數「有授權」的高層溝通管道。
前副總統蕭萬長在2001年成立兩岸共同市場基金會，2002年共同市場基金會成為博鰲亞洲論壇的創始會員之一，之後，蕭萬長多次率台灣企業界領袖與會，並先後與大陸前國家主席胡錦濤、前國務院總理溫家寶、前大陸政協主席賈慶林，前大陸國家副主席曾慶紅、前大陸人大常委會委員長吳邦國等人會面。
原本聚焦經濟議題的博鰲亞洲論壇在2008年台灣政黨輪替後，染上一層政治色彩。
馬英九2008年當選中華民國總統，為推動兩岸交流對話，博鰲亞洲論壇成為兩岸「融冰」關鍵一會，在國內外引起極大關注。
當時蕭萬長以副總統當選人身分與會，會晤胡錦濤，蕭萬長提出「16字箴言」：「正視現實、開創未來、擱置爭議、追求雙贏」，並提出4大要求，包括儘快啟動週末包機，實現大陸居民來台旅遊，恢復兩岸協商交流，讓兩岸經貿正常化。
胡錦濤隨即積極回應，兩岸關係於焉建構發展基礎。
2009年由前外交部長錢復帶團出席博鰲論壇與溫家寶會晤，馬總統當時提出「同舟共濟，相互扶持；深化合作，開創未來」16字理念，帶給對岸。
2010年及2011年，台灣代表團仍由錢復帶隊出席博鰲，關注焦點轉向兩岸相關經濟合作。
不過，2012年馬總統連任，由副總統當選人吳敦義以兩岸共同市場基金會最高顧問身分出席博鰲論壇，當年「吳李（克強）會」，再度成為兩岸政治觀察重點，吳敦義提出「求同存異，兩岸和平，講信修睦，民生為先」，勾勒了兩岸關係發展的方向。
今年的博鰲論壇，蕭萬長預計將會晤大陸新任國家主席習近平，雙方是否再提出兩岸關係論述，備受各界關注。