肺癌一直是國人癌症死亡的第一位，台大醫院雲林分院自九年前改制以來，逐步為雲林縣鄉親打造完整的「肺癌診療團隊」。根據國民健康局統計的資料顯示，雲林地區肺癌的發生率與死亡率均高於全國平均值，故完整的肺癌診療團隊在雲林縣更顯重要。台大醫院雲林分院於民國96年底成立虎尾院區，即規畫為完整的癌症診斷與治療醫院，該院的肺癌診療團隊，包括胸腔內科、胸腔外科、腫瘤內科、放射腫瘤科、影像醫學科與病理科等，無論支氣管內視鏡技術、胸腔手術與放射線治療、及分子生物學基因檢測等，均能提供雲嘉地區鄉親完整的服務。
台大醫院雲林分院「打造完整肺癌診療團隊」舉辦說明會，由胸腔內科陳崇裕醫師、內科部主任施金元教授兩位主講，出席的有腫瘤醫學中心袁瑞晃主任、腫瘤醫學部陳若白主任、胸腔外科曾宇鼎醫師、放射腫瘤科沈佳韋醫師等人。
說明會中指出案例：73歲劉女士本身不抽菸，去年因為持續咳嗽有痰，痰中有血絲，且運動時呼吸會喘等症狀至該院求診。經檢查為右肺中葉腫瘤合併右側主支氣管阻塞及縱膈腔淋巴結病變，但無其他遠端轉移，切片檢查為鱗狀細胞癌，癌症分期為非小細胞肺癌IIIB期(第三期)。於接受同步化放療後，以胸部電腦斷層影像檢視，癌腫瘤與淋巴結明顯縮小，支氣管鏡檢查與自體螢光支氣管鏡檢查均不見原造成右側主支氣管阻塞之腫瘤。
經肺癌團隊會議討論後，建議施以肺葉切除與淋巴結清創手術予以根治肺癌。原本劉女士考慮自身年紀稍長，擔心無法承受手術之風險，遲遲無法決定。在該院肺癌團隊的鼓勵下順利接受手術，術後復原良好，不到一週即出院，現於門診持續追蹤檢查至今並無復發。劉女士與其家屬今天特別現身記者會，獻花表達對醫師與醫療團隊之感謝。
支氣管內視鏡的技術在這幾年一日千里。支氣管鏡超音波(EBUS)讓醫師能夠藉著超音波探頭深入肺部組織，明顯改變過去醫師對胸部腫瘤之診斷及治療。支氣管鏡超音波(EBUS) 於胸腔腫瘤之應用有(1)肺癌診斷分期、(2)週邊肺部腫瘤、(3)縱膈腫瘤切片、(4)介入性治療指引之角色。該院自民國98年起由胸腔內科陳崇裕等醫師開始施行支氣管內視鏡超音波的檢查，肺癌診斷率可達7成2以上，大大的減少了患者須接受電腦斷層指引切片或手術的併發症。而自體螢光支氣管鏡檢查，不僅可用於肺癌的早期偵測，更是肺癌術前術後評估的利器。加上氬氣電漿燒灼術，可用於呼吸道出血的處理，更可用於呼吸道腫瘤的摘除，跟以往支氣管鏡雷射手術或電燒灼術的效果相當，但發生併發症的機會則降低很多。
肺癌治療的選擇主要是根據肺癌的期別。若是屬於第一、第二期，大多數會採用開刀手術切除的方式來治療，以期達到能完全清除腫瘤而根治肺癌。該院聘有多位胸腔外科醫師，如曾宇鼎醫師等等均師承台大醫院總院，至該院為雲林鄉親服務，對於胸腔鏡手術、肺葉切除、呼吸道重建等等肺癌相關手術皆有豐富經驗，可免除雲林地區鄉親舟車勞動之苦。
肺癌初期時並無症狀，約一半的病人發現肺癌時已無法接受手術治療，或因患者年紀較長、生活行動功能不良、肺功能不佳、身體已有其他重大疾患、腫瘤的位置貼近重要器官或大血管等等因素，使患者無法接受手術性的根除治療。這時分多次完成的同步化學治療與放射線治療(化放療)即可發揮效益，已有許多研究報告顯示合併放化療對不能開刀之非小細胞肺癌的治療是有幫忙的，可達到根治腫瘤的目的，取代患者因各種情況而無法接受手術切除的遺憾。該院設有雲林地區唯一放射腫瘤治療團隊，放射腫瘤科沈佳韋醫師相關治療經驗豐富，利用先進的IGRT導航式光子刀治療，能精準地將放射劑量集中到肺部腫瘤位置，減少週邊正常組織的傷害。
癌症「個人化」的治療是現行肺癌治療的趨勢，其目的在於利用各種生物學上的預測標記，藉以選擇合適，或排除不適合治療的病人。透過有效藥物的選擇，希望提高治療有效率，改善病人生活品質與延長存活時間。目前以肺癌上皮組織接受體(EGFR)的陽性突變對上皮生長因子接受體抑制劑（EGFR-TKI）有較好的療效，最被廣泛所知也是健保給付的項目。
該院內科部主任施金元教授即是研究肺癌上皮組織接受體(EGFR)突變及標靶藥物作用相關性等分子生物學之專家，於國際上享有盛名。故本院病理部與台大醫院基因體中心合作，針對本院患者肺癌組織做進一步基因分析，期能解開國人罹癌基因之種類，並能發展更新的治療。